23.生物进化程序

但奇怪的是，其他物种的基因组中没有这些转座子。由于这些转座子似乎不知从何而来，卯月凤和同事将它们称为空间入侵者（SPIN）因子，并认为它们一定是通过杂散谱系之间水平转移而来的。这些转座子不仅是新宿主的遗传组成，甚至可能成为新的功能性基因。要证明一个基因是水平转移来的，必须证明该基因没有在其他相关物种中出现过，或者其他物种没有通过演化丢失掉这些基因。所以如果一些相关物种已经灭绝，想要证明基因水平转移就会很困难。”

“嘿嘿，你们两个都在这里。”随着声音，张月鹿进来了，“箕水豹给我们设计了一个很特别的舞蹈出场仪式。”于是就把那个从石头里蹦出来的方式说了一下。胃土雉很兴奋，“很别致，我喜欢。我们需要排练一下，也需要把参与的同事一起，让大家熟悉一下。以前都是在影视里见过，他们都是吊着绳子表演的，能看出来衣服的褶皱不自然。而那些电脑做的效果又太虚幻，配置的背景效果一看就假。”

“我们这算不算正式婚礼呢？”张月鹿看着胃土雉。

“当然算”胃土雉兴奋的说“哪有比这样的婚礼更让人难忘的，当然算！”

张月鹿顺势拥抱亲吻了一下胃土雉，“回头见”箕水豹挥了挥手出去了。

“我是来让你看看我完成的小程序”张月鹿拿出电脑“这个能说明一点生物进化的趋势，给我们的基因移民增加点信息。”

张月鹿开始介绍他这些天的研究成果

在普通进化论中，一个物种往往被孤立地看待，环境以及其它相关物种被视为一成不变的背景。而协同进化论则强调不同的物种间在自然环境的相互作用下共同进化。运用协同进化的观点，普通进化论所面临的难题都可以得到相应的说明。如协同进化论认为，随着环境的变化，一些物种协同快速进化进而产生物种爆发现象是可能的，而这种短时间内的物种爆发也是化石缺失的原因。协同进化的动力同样是生物之间的竞争，但这种竞争所引发的结果却不是进化论中的机械进化观所描述的那样，而是生物物种间以整体的形式进行进化。

这种整体的进化观，以另一种形式在计算机中得到了再现。张月鹿在计算机中模拟了大自然的竞争规则和环境，得出了令人感兴趣的结果。在计算机中模拟出的自然界可以称为是逻辑世界，因为这样的世界是依靠逻辑规则而建立，逻辑世界是怎样运行的呢?我们以其中最著名的Terrific世界(T世界)来说明。

用数字计算机提供的资源，RAM单元，CPU时间以及操作系统，为数字生命提供一个生存环境，同时引进相应的机制，如死亡机制、变异机制，由此来探索生命进化过程中出现的各种现象、规律以及复杂系统的涌现行为。

“我编写了一个指令长度为80的具有自复制能力和变异能力的汇编语言程序，随后将该程序置入计算机系统中。”张月鹿展示着“经过一段时间运行，惊喜地发现，terrific果真生出许多生命体，并且在上千次计算机换代之后，物种通常呈现出多样性，有不同大小和不同规格，有不同寿命，不同的生态关系，独立性、寄生、共生等。在terrific的运行过程中，随着进化的推进，数字生命种类日益增多，“单细胞”逐渐进化为“多细胞”，形成自己的数字生态环境，同时也出现了类似于自然界中物种大爆发那样的物种爆发现象。此外，terrific还能产生对寄生物有免疫能力的特定生物。你看，经过一段时间的进化，还会产生数字社会。这种数字生命世界与真实生命世界之间的相似之处还在于，在我们的真实生命世界中，生命利用朴托鲁获得自己所需的物质和能量，这些自然生命形式在诺姆的自然环境中诞生，然后不断进化。在terrific中，数字生命，表现为具有自复制能力的计算机程序的形式，利用计算